Αναλυτικά τι ισχύει με το ΦΠΑ και συνολικά το φορολογικό καθεστώς των εν λόγω αγροτών, σύμφωνα με το εγχειρίδιο που εξέδωσε η ΑΑΔΕ.
Η Ανεξάρτητη Αρχή Δημοσίων Εσόδων (Α.Α.Δ.Ε.), στα πλαίσια της στρατηγικής της για την αναβάθμιση της ποιότητας της εξυπηρέτησης των οικονομικών φορέων και των πολιτών από τις Φορολογικές Υπηρεσίες της Α.Α.Δ.Ε., εξέδωσε το «Εγχειρίδιο Ενημέρωσης αγροτών του ειδικού καθεστώτος του άρθρου 41 του Κώδικα Φ.Π.Α.», για την παροχή ορθής, έγκυρης και ακριβούς πληροφόρησης στους οικονομικούς φορείς και στους εν γένει συναλλασσομένους, σε θέματα αρμοδιότητας των υπηρεσιών της.
Στο ως άνω Εγχειρίδιο, που συντάχθηκε από την καθ’ ύλην αρμόδια Διεύθυνση Εφαρμογής Έμμεσης Φορολογίας, Τμήμα Α΄- Φ.Π.Α. της Γενικής Διεύθυνσης Φορολογικής Διοίκησης (Γ.Δ.Φ.Δ.), καταγράφονται, με συνοπτικό και κατανοητό τρόπο, όλα όσα πρέπει να γνωρίζουν οι ενδιαφερόμενοι (οικονομικοί φορείς και συναλλασσόμενοι, γενικότερα) σε θέματα, όπως, πεδίο εφαρμογής του ειδικού καθεστώτος, άσκηση του δικαιώματος έκπτωσης των αγροτών του ειδικού καθεστώτος, διαδικασία επιστροφής Φ.Π.Α. στους εν λόγω αγρότες.
Οι αγρότες του ειδικού καθεστώτος δεν επιβαρύνουν με Φ.Π.Α. τις παραδόσεις των αγαθών τους και τις παροχές των υπηρεσιών τους. Για τον Φ.Π.Α. που επιβαρύνει τις αγορές αγαθών ή τις λήψεις υπηρεσιών, τις οποίες πραγματοποίησαν για την άσκηση της αγροτικής τους εκμετάλλευσης, δικαιούνται επιστροφής του Φ.Π.Α. από το Δημόσιο, το οποίο καταβάλλει στον αγρότη ποσό, που προκύπτει με την εφαρμογή κατ’ αποκοπή συντελεστή 6% στην αξία των παραδιδόμενων αγροτικών προϊόντων και των παρεχόμενων αγροτικών υπηρεσιών προς άλλους υποκείμενους στον φόρο. Τα αγροτικά προϊόντα και οι αγροτικές υπηρεσίες επί των οποίων εφαρμόζεται ο κατ’ αποκοπή συντελεστής 6%, για την επιστροφή, είναι αυτά που κατονομάζονται στον Πίνακα του Παραρτήματος IV του Κώδικα Φ.Π.Α..
Το ειδικό καθεστώς αγροτών είναι προαιρετικό καθεστώς, το οποίο θεσπίστηκε με το άρθρο 41 του Κώδικα Φ.Π.Α., όπως ισχύει μετά την αντικατάστασή του από 1.1.2017 με τις διατάξεις του άρθρου 47 του ν. 4410/2016 (Α’ 141) και το οποίο απαλλάσσει τους αγρότες που εντάσσονται σε αυτό από τις υποχρεώσεις, που έχουν όσοι υπάγονται στο κανονικό καθεστώς Φ.Π.Α., δηλαδή από τις υποχρεώσεις τήρησης λογιστικών αρχείων (βιβλίων), έκδοσης στοιχείων και υποβολής δηλώσεων Φ.Π.Α..
Παράλληλα, για τον Φ.Π.Α. των εισροών τους, που προορίζονται για την αγροτική τους εκμετάλλευση (σπόροι, λιπάσματα, μηχανήματα) προβλέπεται επιστροφή του Φ.Π.Α. με ειδικό τρόπο. Δηλαδή, η επιστροφή δεν γίνεται με βάση τις πραγματικές αγορές που πραγματοποίησε ο αγρότης ή τις πραγματικές υπηρεσίες που έλαβε, αλλά γίνεται με την εφαρμογή κατ’ αποκοπή συντελεστή επιστροφής επί των παραδόσεων αγροτικών προϊόντων παραγωγής του και παροχών αγροτικών υπηρεσιών του, τα οποία προκύπτουν από τα σχετικά παραστατικά.
Για να λάβει την επιστροφή ο αγρότης, κατά τα προαναφερθέντα, υποβάλλει, εφόσον το επιθυμεί, μια δήλωση - αίτηση επιστροφής (Έντυπο 010Α - ΦΠΑ έκδοση 2014 Φ6 ΤΑΧΙS «Δήλωση - Αίτηση και αναλυτική κατάσταση δικαιολογητικών»). Ο κατ’ αποκοπή συντελεστής επιστροφής Φ.Π.Α., που ισχύει για αιτήσεις επιστροφής που υποβάλλονται από 1.1.2013, είναι 6%.